Das Hochmoor "Kendlmühlfilzen" liegt im Süd-Osten der Chiemseemoore und umfasst eine Fläche von ca. 8 km² (= 800 Hektar).
Die Kendlmühlfilzen ist ein sog. Durchströmungsmoor, dessen Wasserhaushalt nicht nur durch Regen, sondern auch z.B. durch Quellen im Moor und Zuflüsse von Bergbächen bestimmt wird. Die Kendlmühlfilzen ist somit kein klassisches Verlandungsmoor, bei dem ein tieferes stehendes Gewässer zuwächst (wie z.B. die Bucha-Filze zwischen Bernau und Aschau).
Daher handelt es sich auch nicht um ein einheitliches regengespeistes Hochmoor, sondern es finden sich hier in begrenztem Umfang durch den Zufluss von mineralhaltigen Bodenwässern auch Bereiche von Übergangsmoor und Niedermoor.
Charakteristisch sind weiterhin die Moorwaldbereiche am Rand der Filzen, d.h. den Übergangszonen zwischen mineralhaltigen Böden der umgebenden Landschaft und den eigentlichen Hochmoorflächen.
Infolge eines geringen Geländegefälles (ca. 0,5 %) nach Norden entwässert die Kendlmühlfilzen in Richtung Chiemsee. Über die letzten hundert Jahre haben allerdings die deutlich geänderten Umweltbedingungen auch in den Hochmoorflächen zu einer starken Zunahme der Bewaldung geführt.
Seit dem 19. Jahrhundert wurden immer wieder Bohrkampagnen in verschiedenen Bereichen der Südlichen Chiemseemoore vorgenommen. Ermittelt wurden der Schichtaufbau der Moore und die Zusammensetzung des im Torf fixierten Pflanzenmaterials (z.B. Blütenpollen) in Abhängigkeit von der Lagerungstiefe.
In den 1960er-Jahren wurde durch eine Bohrkampagne ein Schnittprofil durch den Südteil der Kendlmühlfilzen gewonnen. Der südlichste Bohrpunkt lag beim Moorparkplatz nahe dem Reiterhof Raab. Die weiteren Bohrpunkte wurden Richtung Norden bis in die Nähe des ehemaligen Eglsees im Zentrum der Kendlmühlfilzen gesetzt (Länge des Schnitts ca. 1,5 km).
Die geologische Entwicklung des Chiemseemoores und der Kendlmühlfilzen erfolgte auch ohne menschlichen Einfluss durchaus nicht so ungestört und kontinuierlich, wie es auf vielen Schautafeln zum Thema immer suggeriert wird.
Der auf der Bodenkarte von 1896 gezeigte kleine Eglsee in der Mitte der Kendlmühlfilzen war ein sog. Hochmoorweiher (Blänke, Moorauge, Moorkolk), der sich aus der Entwicklung des Torfkörpers im Zusammenspiel mit der Moorvegetation ergab. Er war mit sehr dunklem Moorwasser gefüllt und wirkte offensichtlich unheimlich und tiefgründig, war aber nur ca. 1 m tief.
Er war bereits vor 100 Jahren infolge der intensiven Entwässerung für die industrielle Torfgewinnung im Nordteil der Filzen trockengefallen.
Es wird spekuliert, ob der Eglsee der eigentliche Zielpunkt des in der Rottauer Filze gefundenen Jahrtausende alten keltischen Bohlenwegs war, wo möglicherweise keltische Druiden rituelle Handlungen vorgenommen haben könnten (Versenkung von Waffen o.ä.).
Moorsondierungen im Jahr 2017 im Nordwestteil der Kendlmühlfilzen wiesen eine Tiefe des Moores von über 5 m nach. An der entsprechenden Stelle zeigt die Baumann'sche Bodenkarte vom Ende des 19. Jahrhunderts ebenfalls eine Torfmächtigkeit von ca. 5 m. Die von Naturschützern beklagte zwangsläufige Sackung eines Moorkörpers infolge Entwässerung hat zumindest hier also in den letzten 120 Jahren nicht mehr stattgefunden.
Das gesteigerte staatliche Interesse an den Südlichen Chiemseemooren zielte um die Jahrhundertwende 19./20. auf deren landwirtschaftliche Nutzung. Man begann, dazu weite Moorflächen nördlich der Bahnstrecke München-Salzburg zu kultivieren.
Allerdings kam dann alles anders als geplant: Der 1. Weltkrieg stellte die beschaulichen Landesentwicklungspläne des nun ehemals Königlichen Bayern auf den Kopf und es mussten andere Prioritäten gesetzt werden.
Zwar wurde in den Filzen schon immer in gewissem Umfang Brenntorf und Torfstreu abgebaut. Nun wurde aber ein besonderes Gewicht auf die industrielle Brenntorfgewinnung in der Kendlmühlfilzen gelegt, weil die deutsche Steinkohle als Reparationsleistung gemäß dem Versailler Knebelvertrag an die Kriegsgegner abgeliefert werden musste und somit ein massiver Energieengpass im Land bestand.
Der staatliche Torfabbau im industriellen Maßstab unter Einsatz von Maschinen erfolgte im Nordteil der Kendlmühlfilzen. In diesem Einzugsbereich weist der Moorkörper mit ca. 7 m die größte Dicke auf.
In einem ersten Schritt wurde auch beim Abbau von Brenntorf zuerst der oberflächennahe Fasertorf (geringerer Heizwert) entfernt und anderweitig verwendet, z.B. als Streutorf. Qualitativ hochwertiger Brenntorf hingegen ist ein hochzersetzter alter Torf (sog. Specktorf), der sich entsprechend in größerer Tiefe befindet.
Für den industriellen Brenntorfabbau war daher eine Tiefentwässerung mit einer Grundwasserabsenkung von mehreren Metern Voraussetzung, um die tieferen Schichten im Moor erschließen zu können. Zur Beschleunigung des Abtransports der Torfrohstoffe wurde 1920 der Torfbahnhof Rottau zum Anschluss an die Bahnstrecke München-Salzburg eingerichtet. Von hier aus erfolgte auch die Erschließung des Moorgeländes durch eine Feldbahn.
Auf Luftaufnahmen bzw. Kartendarstellungen zeichnet sich heute der ehemalige Torfabbaubereich im Nordteil der Kendlmühlfilzen durch ein dichtes Netz an Entwässerungsgräben und wiedervernässten Abbaugruben aus. Im Gelände finden sich auch verstreute Reste der alten Feldbahnanlagen.
Zu den Rändern der Kendlmühlfilzen und nach Süden hin nimmt die Mächtigkeit des Moorkörpers ab. Hier fand dann eine private Nutzung in Form von bäuerlichem Handtorfstich statt. Dies war mit weit weniger intensiven Eingriffen in die Landschaft verbunden als beim industriellen Abbau.